Расчет договорной неустойки

Добрый день. Есть два договора подряда, Исполнителем по ним обязательства выполнены, кс подписаны и все "закрывашки" в виде актов. Заказчик долгое время работы не оплачивал. Образовалась по ним внушительная задолженность. Позже (где то через год) когда мы решили подать в суд иск, Заказчик инициировал подписание соглашения, где есть два основных пункта: 1. что признает сложившуюся задолженность по двум договорам в такой то сумме, 2. что обязуется эту задолженность погасить за четыре месяца. Пару раз сделал платежи и снова висит долг. Вопрос: 1. как считать неустойку по договору с учетом этого соглашения? до даты этого соглашения по договору, а после по 395 ГК? или только по договору? 2. Как считать неустойку если наш бухгалтер разносила каждый платеж по своему внутреннему убеждению (т.е общую сумму платежа делила на разные суммы погашения задолженности по каждому из договоров) За ранее благодарю всех неравнодушных.